自成立以來(lái)，實(shí)驗(yàn)室在1996年、2001年、2006年的全國(guó)性評(píng)估中連續(xù)三次被評(píng)為優(yōu)秀類國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，2011年則成為連續(xù)三次評(píng)估優(yōu)秀后免除評(píng)估的優(yōu)秀類國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。2016年評(píng)為良好實(shí)驗(yàn)室。1999年，在中國(guó)科學(xué)院?jiǎn)?dòng)知識(shí)創(chuàng)新工程之初，實(shí)驗(yàn)室就整體進(jìn)入了中國(guó)科學(xué)院知識(shí)創(chuàng)新工程。實(shí)驗(yàn)室于2004年和2011年還分別獲得“國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室計(jì)劃先進(jìn)集體”和“‘十一五’國(guó)家科技計(jì)劃執(zhí)行優(yōu)秀團(tuán)隊(duì)獎(jiǎng)”的榮譽(yù)。2015年5月，實(shí)驗(yàn)室的依托單位納入“生態(tài)文明建設(shè)”服務(wù)領(lǐng)域特色研究所建設(shè)。
經(jīng)過(guò)近30多年的發(fā)展，實(shí)驗(yàn)室培養(yǎng)和引進(jìn)了一批優(yōu)秀科技人才，形成了一支專業(yè)和年齡結(jié)構(gòu)以及學(xué)術(shù)層次合理的研究隊(duì)伍。實(shí)驗(yàn)室現(xiàn)有固定人員72人，其中中國(guó)科學(xué)院院士2人，研究員48人。實(shí)驗(yàn)室設(shè)有生物學(xué)、水產(chǎn)、環(huán)境科學(xué)與工程3個(gè)專業(yè)的碩士點(diǎn)、博士點(diǎn)，設(shè)有生物學(xué)、環(huán)境科學(xué)與工程2個(gè)博士后流動(dòng)站。每年在讀研究生100多人，客座研究人員10余人。
實(shí)驗(yàn)室于2008年5月起獲得國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室專項(xiàng)經(jīng)費(fèi)的穩(wěn)定支持。目前，實(shí)驗(yàn)室成員承擔(dān)多項(xiàng)國(guó)家重大項(xiàng)目的研究任務(wù)，包括國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國(guó)家自然科學(xué)基金、以及省部級(jí)科研項(xiàng)目和國(guó)際合作與交流項(xiàng)目等。自成立以來(lái)，實(shí)驗(yàn)室已獲得10余項(xiàng)國(guó)家級(jí)成果獎(jiǎng)勵(lì)，近20項(xiàng)省部級(jí)獎(jiǎng)勵(lì)，授權(quán)專利近百項(xiàng)。每年發(fā)表論文200余篇。近年來(lái)，在國(guó)際刊物上發(fā)表論文的數(shù)量呈現(xiàn)穩(wěn)定增長(zhǎng)的態(tài)勢(shì)，高水平研究論文的數(shù)量也不斷增長(zhǎng)。
坐落在美麗的東湖之濱，實(shí)驗(yàn)室現(xiàn)有用房總面積11350平方米，擁有儀器設(shè)備93臺(tái)（套），包括：自動(dòng)激光片層掃描顯微系統(tǒng)、小動(dòng)物活體microCT影像系統(tǒng)、單細(xì)胞蛋白質(zhì)表達(dá)定量分析系統(tǒng)、基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時(shí)間串聯(lián)質(zhì)譜儀、電感耦合等離子體質(zhì)譜儀、GeXP多重基因表達(dá)遺傳分析系統(tǒng)、聲學(xué)多普勒流速剖面儀、蛋白測(cè)序儀、激光共聚焦顯微鏡、全自動(dòng)微生物基因指紋鑒定系統(tǒng)、貼壁細(xì)胞顯微操作系統(tǒng)、流式細(xì)胞儀、多功能酶標(biāo)儀/微孔板檢測(cè)儀、浮游植物分析儀、生物分子相互作用分析儀、生化樣品定量掃描系統(tǒng)等。實(shí)驗(yàn)室儀器設(shè)備實(shí)現(xiàn)了互聯(lián)網(wǎng)預(yù)約共享使用，是“中國(guó)科學(xué)院大型儀器網(wǎng)絡(luò)共享平臺(tái)”的組成部分。
實(shí)驗(yàn)室長(zhǎng)期致力于開(kāi)拓國(guó)內(nèi)外學(xué)術(shù)交流，積極開(kāi)展國(guó)際合作。已與美、英、日、法、德、俄羅斯、以色列等多個(gè)國(guó)家/地區(qū)的大學(xué)和科研機(jī)構(gòu)開(kāi)展合作研究。每年有30余人次出國(guó)訪問(wèn)、講學(xué)，或進(jìn)修和從事合作研究，接待40余人次境內(nèi)外學(xué)者來(lái)實(shí)驗(yàn)室講學(xué)或從事合作研究。
“開(kāi)放、流動(dòng)、聯(lián)合、競(jìng)爭(zhēng)”是實(shí)驗(yàn)室遵守的運(yùn)行機(jī)制。依托中國(guó)科學(xué)院水生生物研究所，“面向國(guó)家戰(zhàn)略需求，面向世界科學(xué)前沿”，為實(shí)現(xiàn)社會(huì)經(jīng)濟(jì)的可持續(xù)發(fā)展，實(shí)驗(yàn)室的目標(biāo)定位是不斷深入揭示淡水生態(tài)系統(tǒng)的生命活動(dòng)規(guī)律，探討淡水及其生物資源利用的生物學(xué)原理和生物技術(shù)，發(fā)展與漁業(yè)和環(huán)境相關(guān)的基礎(chǔ)與應(yīng)用研究，成為具有中國(guó)特色的、在國(guó)際學(xué)術(shù)界有重要地位的淡水生態(tài)與生物技術(shù)的創(chuàng)新研究基地和科技人才培養(yǎng)基地。
